Säätiö on vuosina 2005–2020 käynnistänyt lähes 40 Puhdas Itämeri -hanketta, joista 30 on saatu päätökseen. Yhteistyössä muiden toimijoiden kanssa pelkästään Suomenlahdella on leikattu vajaassa 10 vuodessa merta rehevöittävää fosforikuormitusta jopa 75 prosentilla. Öljyonnettomuuden riskiä pienentävä ENSI-palvelu kehitettiin säätiön johtamassa Tankkeriturva-hankkeessa vuosina 2009–2014, minkä jälkeen palvelun jatkokehitys siirtyi Liikennevirastolle.
Käynnissä olevissa Puhdas Itämeri -hankkeissa vähennetään Itämerta rehevöittäviä päästöjä leikkaamalla pistekuormitusta kunnallisilta jätevedenpuhdistamoilta ja teollisuudesta sekä vähentämällä maataloudesta tulevaa hajakuormitusta erilaisilla vesiensuojelumenetelmillä. Lisäksi säätiön hankkeissa poistetaan mereen jo päätynyttä ja sisäistä kuormitusta muun muassa hoitokalastuksella ja ruovikon niitolla sekä tutkitaan uusia keinoja sisäisen kuormituksen hillitsemiseksi. Tämän ohella säätiö seuraa aktiivisesti muun muassa Venäjällä, Valko-Venäjällä ja Puolassa jo päättyneitä puhdistamohankkeita, joissa se on ollut mukana rahoittajana tai toteuttajana.