Säätiö on vuosina 2005–2018 käynnistänyt yli 30 Puhdas Itämeri -hanketta, joista 21 on saatu päätökseen. Yhteistyössä muiden toimijoiden kanssa pelkästään Suomenlahdella on leikattu vajaassa 10 vuodessa merta rehevöittävää fosforikuormitusta jopa 75 prosentilla.
Öljyonnettomuuden riskiä pienentävä ENSI-palvelu kehitettiin säätiön johtamassa Tankkeriturva-hankkeessa vuosina 2009 – 2014, minkä jälkeen palvelun jatkokehitys siirtyi Liikennevirastolle.